
Gli studi hanno dimostrato che le concentrazioni di nitrato e azoto si accumulano nelle acque sotterranee al di sotto delle aree in cui l'irrigazione è intensa e il suolo è permeabile, consentendo la lisciviazione del fertilizzante azotato. Questo effetto è maggiore nei sistemi di irrigazione di superficie utilizzati per irrigare i terreni sabbiosi.

Per prevenire un ulteriore deterioramento della qualità dell'acqua o per migliorare la qualità dell'acqua, sono necessarie sia un'adeguata gestione dei fertilizzanti che un'adeguata gestione dell'irrigazione. In termini di concentrazione di nitrato-azoto, lo standard per l'acqua potabile sicura per le fonti idriche pubbliche è di 10 ppm (o 10 mg/L) di nitrato-azoto.
La qualità dell'acqua di irrigazione agricola è determinata dal contenuto di sale totale e dai tipi di sale nell'acqua. Un sale è una combinazione di due elementi o ioni. Uno ha una carica positiva (sodio) e l'altro una carica negativa (cloruro). L'acqua può contenere vari sali come cloruro di sodio (sale da cucina), solfato di sodio, cloruro di calcio, solfato di calcio (gesso), cloruro di magnesio. I tipi e le quantità di sali nell'acqua e quindi la salinità di quell'acqua dipendono dalla fonte.
La qualità dell'acqua di pozzo dipende dalla composizione delle formazioni sotterranee da cui viene pompata l'acqua e la qualità dell'acqua superficiale dipende in gran parte dalla fonte del deflusso. L'acqua di drenaggio dalle terre irrigate, dalle infiltrazioni di salamoia, dai giacimenti petroliferi e dalle acque reflue urbane e industriali ha spesso livelli di sale più elevati.
Per valutare un pericolo di sale, il campione d'acqua viene analizzato per tre fattori principali: sali solubili totali, pericolo di sodio e ioni tossici. I sali solubili totali misurano il rischio di salinità stimando gli effetti combinati di tutti i diversi sali presenti nell'acqua. Il rischio di sodio si basa sul calcolo del tasso di adsorbimento del sodio. Gli ioni tossici includono elementi come cloruro, solfato, sodio e boro.
Le colture agricole variano ampiamente nella loro capacità di tollerare i sali. Alcune colture hanno metodi speciali che gestiscono gli alti livelli di sale all'interno della pianta e consentono loro di continuare a crescere e produrre. Nella maggior parte dei casi sono stati fissati livelli critici per ogni prodotto e per ogni test salino.
Nel frattempo, in generale, il valore del pH dell'acqua di irrigazione dovrebbe essere compreso tra 5.0 e 7.0. L'acqua con un valore di pH inferiore a 7.0 è chiamata acida e l'acqua superiore a 7.0 è chiamata basica.
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