
Estudos mostraram que as concentrações de nitrato-nitrogênio se acumulam nas águas subterrâneas abaixo de áreas onde a irrigação é intensa e o solo é permeável, permitindo a lixiviação do fertilizante de nitrogênio. Este efeito é maior em sistemas de irrigação de superfície utilizados para irrigar solos arenosos.

Para evitar uma maior deterioração da qualidade da água ou para melhorar a qualidade da água, são necessários tanto o manejo adequado de fertilizantes quanto o manejo adequado da irrigação. Em termos de concentração de nitrato-nitrogênio, o padrão de água potável segura para fontes públicas de água é de 10 ppm (ou 10 mg/L) de nitrato-nitrogênio.
A qualidade da água de irrigação agrícola é determinada pelo teor total de sal e pelos tipos de sal na água. Um sal é uma combinação de dois elementos ou íons. Um tem uma carga positiva (sódio) e o outro uma carga negativa (cloreto). A água pode conter vários sais, como cloreto de sódio (sal de mesa), sulfato de sódio, cloreto de cálcio, sulfato de cálcio (gesso), cloreto de magnésio. Os tipos e quantidades de sais na água e, portanto, a salinidade dessa água dependem da fonte.
A qualidade da água de poço depende da composição das formações subterrâneas de onde a água é bombeada, e a qualidade da água de superfície depende em grande parte da fonte do escoamento. A água de drenagem de terras irrigadas, infiltrações de salmoura, campos de petróleo e águas residuais urbanas e industriais geralmente tem níveis mais altos de sal.
Para avaliar o risco de sal, a amostra de água é analisada quanto a três fatores principais: sais solúveis totais, risco de sódio e íons tóxicos. Os sais solúveis totais medem o risco de salinidade estimando os efeitos combinados de todos os diferentes sais presentes na água. O perigo de sódio é baseado no cálculo da taxa de adsorção de sódio. Os íons tóxicos incluem elementos como cloreto, sulfato, sódio e boro.
As culturas agrícolas variam amplamente em sua capacidade de tolerar sais. Algumas culturas têm métodos especiais que controlam os altos níveis de sal dentro da planta e permitem que continuem a crescer e produzir. Na maioria dos casos, foram definidos níveis críticos para cada produto e cada teste de sal.
Entretanto, em geral, o valor do pH da água de irrigação deve estar entre 5.0 e 7.0. A água com pH abaixo de 7.0 é chamada de ácida e a água acima de 7.0 é chamada de básica.
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